Das bekannteste Verzeichnis ist das DOAJ, das Directory of Open Access Journals (Universität Lund):

http://www.doaj.org

Dieses ist allerdings äußerst lückenhaft, wenngleich über 2400 Zeitschriften dort verzeichnet sind.

Umfangreicher ist die Elektronische Zeitschriftenbibliothek, bei der grüne (freie) Zeitschriften vorausgewählt werden können:
http://rzblx1.uni-regensburg.de/ezeit/index.phtml?bibid=AAAAA&colors=7&lang=de

Einen Hinweis verdient auch die Liste des Göteborgers Bibliothekars Jan Szczepanski mit über 4500 aktuellen OA-Titeln:

http://www.his.se/bib/jan

Die Zeitschriften sind auch über den Göteborger OPAC recherchierbar: http://www.ub.gu.se/sok/tidskrifter/sok/

Die umfangreichste Möglichkeit, gezielt nach OA-Artikeln zu suchen bietet mit über 3700 erfassten E-Journals ein indisches Angebot:
http://www.openj-gate.com

Französischsprachige Quellen sind hier leider unterrepräsentiert. Einen OAI-Harvester zu ihnen bietet http://www.in-extenso.org/

Im Gegensatz zu Open-J-Gate sind im DOAJ derzeit nur 725 Zeitschriften auf Artikelebene suchbar.

Nur von einem Teil der OA-Zeitschriften bietet OAIster Artikeldaten:
http://oaister.umdl.umich.edu/o/oaister/

In OAIster sind zunehmend kostenpflichtige Inhalte aufgenommen, eine Filtermöglichkeit nach freien Inhalten besteht nicht.

Ebensowenig filtern kann man freie Quellen in Google Scholar:
http://scholar.google.com

Eine experimentelle Volltextsuche englischsprachiger E-Journals aus dem DOAJ anhand von Google Custom Search bietet:
http://www.google.com/coop/cse?cx=005943177783402775348%3Atp4c3cmhnmu