Vieles scheint besser gelöst, das Design ist ganz ansprechend, d.h. die Folklore der alten Optik (zur Erinnerung: https://web.archive.org/web/20150209133908/http://www.stmatthias.uni-trier.de/ ) und die Such-Unzulänglichkeiten von Typo 3 sind zum Glück weitgehend getilgt. Die in der Rezension vom 15. Februar ( http://archiv.twoday.net/stories/1022397691/ (archive.org-Kopie) ) angemahnten Intellektuellen Ordnungssysteme sehe ich durch den (leider dieser Tage üblich gewordenen) Suchschlitz nur unzureichend umgesetzt. Das virtuelle Skriptorium lässt also immer noch die alte Kulturtechnik "Bibliothekskatalog" vermissen.

Zu Ihrer Anmerkung:
"Die Suche mit % scheint das Portal zu überfordern."
Vielmehr scheint die ausgelieferte Website (abgespeichert sind das ~ 2,4 MB! ) Ihren Browser zu überfordern. Über Sinn oder Unsinn einer solch umfänglichen Liste kann man streiten. Alle Listeneinträge clientseitig durch Javascripte aufzubereiten überfordert aber offensichtlich viele Rechner. Ich halte das für schlechtes (weil dysfunktionales) Webdesign, mir sind ausser den überladenen Seiten mancher Sozialer Netzwerke kaum Einzelseiten bekannt, die so groß sind (und bei denen auch mein Browser ächzt und der Lüfter höher dreht).*
Zum Vergleich: Der Handschriftencensus ist weniger "hübsch". Die Seiten dort sind aber bedeutend kleiner bei vergleichbaren Anzahlen von gelisteten Datenbankeinträgen (Beispiel: http://www.handschriftencensus.de/hss/Muenchen - Die Seite ist 26 x kleiner!, dadurch schneller, vor allem aber überhaupt benutzbar).
Der vermutete Sinn der netten aufklappbaren Menüs (Übersichtlichkeit) verkehrt sich, wenn umfänglichere Suchergebnisse ausgegeben werden, in sein Gegenteil. Die "zugeklappten" Seiteninhalte können nämlich mit strg+F / Apfel+F nicht durchsucht werden - Abhilfe könnte ein "expand all" - "Knöpfchen" bringen.
Grundsätzlich wäre eine auf Funktionalität getrimmte, abgespeckte Variante - gern auch weniger "modern" - hier sinnvoller und bedienbarer.

Welchen Stand hat eigentlich die Datenbank? Bistumsarchiv Trier Abt. 95 Nr. 528 konnte ich nicht finden** (liegt als XML vor)
( http://zimks68.uni-trier.de/stmatthias/TBA0528/TBA0528-digitalisat.xml ). Kürzlich erst ist zum Glück Axel Mantes Edition*** dieses Codex bei Archive.org aufgetaucht ( https://archive.org/details/EinNiederdeutschesGebetbuchAusDer2.HlfteDesXiv.Jahrhunderts ).
Schön wäre es wenn solche und andere Internetquellen verlinkt wären - bei anderen Projekten (Handschriftencensus, H. Lähnemanns "medingen manuscripts" ) längst guter Standard. Im Ganzen scheint die Seite aber nun in professionelleren Händen und man darf auf die nächsten Iterationen und das Feintuning nach Evaluation, Usability-tests, logfile-Analyse etc. hoffen. Allenfalls sollten die hier angemahnten Desiderate Berücksichtigung finden. Die fehlenden Permalinks bleiben ein zu tilgendes no-go.

Richtig, vieles hätte man besser machen können. Es ist aber immer schwer, das eigene Projekt aus der Nutzerperspektive zu sehen und Nutzungsszenarios zu simulieren, wenn man den eigenen Datenbestand kennt. Genau das aber muss solch ein Portal leisten. Man darf gespannt sein wie das Angebot angenommen wird (ich hoffe es gibt neben hiesigem "rant" o.g. Evaluation und Qualitätssicherung).

* Auf dem Dorf mit einem 56k-Modem wäre die Seite nach 5 min (!) ohne Bilder geladen. Zugegeben ein seltener werdendes Setup.

** Mir jetzt eine Suchstrategie mitzuteilen die die HS auffinbar macht, wäre nett, im Sinne eines angenommenen Benutzungszenarios aber keine Besserung.

*** Mante, Axel (Hg. ): Ein niederdeutsches Gebetbuch aus der 2. Hälfte des XIV. Jahrhunderts ( Bistumsarchiv Trier, Nr. 528), Lund 1960 (Lunder germanistische Forschungen 33)