Langjährige Haushälterin und Kammerdiener wollten nach dem Tod des Augsburger Bischofs Freundorfer 1963 den Auftrag erhalten haben, ein "besenreines Objekt" zu schaffen. Diese verstanden darunter auch, die Unterlagen des bisherigen Hausherrn aus den Amtsräumen zu entfernen und in den Innenhof zu befördern, wo damit begonnen wurde, diese zu verbrennen. Ein Salesianerpater konnte glücklicherweise einen Teil für Benediktbeuern, wohin die Privatbibliothek des Bischofs gelangt war, sichern. Von dort wurde der Nachlass 1983 dem Archiv des Bistums Augsburg übergeben, nachdem er dort von Engelbert M. Buxbaum entdeckt worden war, der nunmehr einen Aufsatz "Der Tod des Augsburger Bischofs Dr. Joseph Freunddorfer am 11. April 1963 und dessen persönlicher Nachlass im Archiv des Bistums in heutiger Form" im "Verein für Augsburger Bistumsgeschichte Jahrbuch" 37 (2003) S. 168-218 publiziert hat, in dessen Mittelpunkt eine detaillierte Verzeichnung des Bestands steht (S. 175-216).