Wir arbeiten seit über 20 Jahren mit Etiketten auf säurefreien Papp-Aktendeckeln. Während die Etiketten sich nach ca. 4-5 Jahren von Leitz-Ordnern, Videokassetten etc. gelöst haben, hatten wir nie Probleme mit den Etiketten auf der Pappe.  Wir machen auch gute Erfahrungen mit Etiketten!
Tipp: http://www.pleuser.de/joomla/index.php/de/  Ich habe schon mit den unterschiedlichsten Varianten gearbeitet:
Papieretiketten, die mit Platanol aufgeklebt wurden, selbstklebende Etiketten, direkte Beschriftung des Aktendeckels mit Bleistift (oder je nach Farbe der Pappe auch mit weißem Buntstift), Stempel... Die Variante mit dem vorgehefteten Blatt habe ich noch nie gesehen.
Persönlich fand ich die selbstklebenden Etiketten am schönsten, wie lange sie halten habe ich mich allerdings auch schon gefragt. Ich würde sagen, so lange kein Geld da ist, für jeden Bestand einen neuen Stempel anzufertigen, ist die direkte Beschriftung am zweckmäßigsten und vermutlich auch am haltbarsten.  mit Pleuser habe ich auch schon gute Erfahrungen gemacht (im Gegensatz zu handelsüblichen Büro-Etiketten, die nach einem Jahr abfallen...auf längere Zeit hält wohl die Beschriftung auf dem Aktendeckel am besten, ist wohl für den Magazindienst nicht wirklich praktikabel und auch nicht wirklich schön anzusehen. Hand"geleimte" Zettel halten auf jeden Fall relativ lange, die Handhabung ist aber auch hier umständlich (Sauerei mit Pinsel und Klebstoff usw.)  Von einem Heften (Zufügen von Metall) würde ich generell absehen. Kleben ist auch nicht immer alterungsbeständig, wie viele hier ja auch schon beobachtet haben. Die Pleuseretiketten sind auf Acrylatbasis, haben also eine recht gute Klebkraft und eine (nach heutigen Erkenntnissen) relativ gute Alterungsbeständigkeit. Planatol enthält leider Weichmacher, wenn möglich würde ich diesen Klebstoff nicht so nah am Original empfehlen (Alternative, wenn es denn Kunstharz sein muss, z.B. Efbecol). Lieber mit Kleister oder Methyllcelluose (z.B. Glutofix) kleben. Finde die Variante mit einem (blauem) Farbstift auf Pigmentbasis- lichtecht! (kein Filzstift oder Edding!) gut, so wird das auch im ISG Frankfurt gemacht. An Stempelfarbe hat bei einer Untersuchung in der LB Bern die Farbe Noris 218 gut abgeschnitten, die muss jedoch sehr mager verwendet werden, da sie sonst durchschlägt. Gut ausgesehen hat bei meinen Tests auch die Farbe Colop 805. Wasserfest und nach der DIN Norm 11798 zertifiziert.
Auf Originalmaterial würde ich ganz profan den guten alten weichen Bleistift nehmen. :-)