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Es hat gravierende Nachteile, legt Peter Murray-Rust dar:

http://wwmm.ch.cam.ac.uk/blogs/murrayrust/?p=2102
sk (Gast) meinte am 2009/06/16 18:28:
Seien wir doch erstmal froh ...
dass langsam eine größere Anzahl von Wissenschaftlern PDF als Publikationsformat nutzt. Ich erinnere mich noch an Zeiten, in denen Bibliotheksreferenten ihre Infomails als Word-Attachments inkl. Virus verschickt haben (ja, es kam nicht einmal eine Entschuldigung, nur der nicht ganz falsche Hinweis: Nutzt doch einen Virenscanner ... ). Nicht zuletzt wegen des Formatwirrwarrs war man über PDF froh (btw: es gibt auch ordentlich gemachtes PDF inkl. Indizierung und Re-Flow).
PDF bietet den papiergewöhnten Wissenschaftlern natürlich auch ein Substitut des gewohnten Layouts usf. -- ich kann mir nicht vorstellen, wie sich das in Zukunft rasch ändern sollte. Sind doch 2/3 der "Geistes"wissenschaftler bereits völlig mit dem Konzept OA oder gar Internet überfordert. Hinzu kommt: viele Verlage wollen inzwischen ja nur noch ein reprofähiges PDF (frührer war es ein Word-File), weil sie inzwischen nicht mehr als bessere Copy-Shops inkl. Vertrieb sind. Da schleift sich PDF als Standard natürlich ein. Obwohl natürlich XML oder XHTML klar die bessere Variante wäre für alle. 
 

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