For the full name of the institution please go to the mentioned website.
Augsburg, UB
//www.bibliothek.uni-augsburg.de/dda/cod/
Bamberg, SB
Try //bvbm1.bib-bvb.de/ with handschrift and bamberg.
//www.staatsbibliothek-bamberg.de/index.php?id=1386 is NOT complete regarding digitized mss.!
Bavaria
//www.bayerische-landesbibliothek-online.de/handschriften
Berlin, Humboldt-Universität
//goobi.ub.hu-berlin.de/viewer/browse/mittelalterlichehandschriften/-/1/-/-/
Berlin, SB
//digital.staatsbibliothek-berlin.de/dms/suche/?DC=handschriften
[Bonn, UB
//s2w.hbz-nrw.de/ulbbn/nav/classification/1095658
Only Early modern until now]
Coburg, LB
Try https://katalog.landesbibliothek-coburg.de/ with handschrift and filter digitalisat
Darmstadt
//www.ulb.tu-darmstadt.de/spezialabteilungen/digitale_sammlungen_2/digitale_sammlungen.de.jsp
Dresden, SLUB
//digital.slub-dresden.de/listenansicht/?type=0%25252Findex.html%2Ftrackback
Düsseldorf, ULB
//digital.ub.uni-duesseldorf.de/nav/classification/507874
Erfurt/Gotha, UFB
//archive.thulb.uni-jena.de/ufb/content/below/index.xml
Erlangen, UB
//bvbm1.bib-bvb.de/R/?local_base=UBE
Frankfurt, UB
//sammlungen.ub.uni-frankfurt.de/msinc/nav/index/all
Freiburg, UB
//www.ub.uni-freiburg.de/index.php?id=hss
Fulda, HLB
//fuldig.hs-fulda.de/viewer/browse/handschriften*/-/1/-/-/
Gießen, UB
//digisam.ub.uni-giessen.de/handschriften.html
Halle, ULB
//digital.bibliothek.uni-halle.de/hd/nav/classification/1406583
Hamburg, SUB
//www.sub.uni-hamburg.de/recherche/elektronische-angebote/digitalisierte-bestaende.html
Hannover, GWLB
//digitale-sammlungen.gwlb.de/index.php?id=5
//digitale-sammlungen.gwlb.de/index.php?id=5&tx_dlf[order]=yearissuedorcreated&tx_dlf[asc]=1
//digitale-sammlungen.gwlb.de/
No medieval ms. until now.
Heidelberg, UB
//www.ub.uni-heidelberg.de/helios/digi/handschriften.html
Jena, ThULB (and other libraries in Thuringia)
//archive.thulb.uni-jena.de/hisbest/content/below/index.xml
Karlsruhe, BLB
//digital.blb-karlsruhe.de/Handschriften/nav/classification/20950
Kassel, UB
//orka.bibliothek.uni-kassel.de/viewer/browse/handschriften*/-/1/-/-/
Kiel, UB
//dibiki.ub.uni-kiel.de/viewer/
//www.ub.uni-kiel.de/digiport/Handschriften/hand.html
Köln, Dombibliothek (and some other institutions)
//www.ceec.uni-koeln.de/
Köln, Historisches Archiv
//historischesarchivkoeln.de/de/
Leipzig, UB
//histbest.ub.uni-leipzig.de/
Some complete mss. also in
//www.manuscripta-mediaevalia.de/
Mainz, StadtB
//www.dilibri.de/nav/classification/991549
Mecklenburg-Vorpommern
//ub-goobi-pr2.ub.uni-greifswald.de/viewer/
München, SB
//www.digitale-sammlungen.de/
München, UB
//epub.ub.uni-muenchen.de/view/cim/cim.html
//epub.ub.uni-muenchen.de/view/malte/handschriften.html
Münster, ULB
//sammlungen.ulb.uni-muenster.de/nav/classification/2163619
//www.ulb.uni-muenster.de/sammlungen/handschriften/dyksche-handschrift.html
Nürnberg, GNM
//dlib.gnm.de/
You have to search in //webopac.gnm.de/ for handschrift.
Oldenburg, LB
//digital.lb-oldenburg.de/ssp/nav/classification/137692
Only Sachsenspiegel saec. XIV.
Stuttgart, WLB
//digital.wlb-stuttgart.de/
Tübingen, UB
//idb.ub.uni-tuebingen.de/digitue/tue/
Weimar, HAAB
Search //opac.ub.uni-weimar.de/DB=2/ for handschriften
Wiesbaden, LB
//www.hs-rm.de/hlb/suchen-finden/sondersammlungen/handschriften-inkunabeln-alte-drucke/der-riesencodex-hildegard-von-bingen/index.html
Only Hildegard of Bingen Codex saec. XII
Wolfenbüttel, HAB (and some other institutions)
//dbs.hab.de/mss/
Würzburg, UB
//vb.uni-wuerzburg.de/ub/handschriften.html
For multi-library projects like the Bibliotheca Laureshamensis see
//ordensgeschichte.hypotheses.org/1510
For single manuscripts (mostly only some pages) in German see
//www.handschriftencensus.de/abbildungen
For digitized printed books see
https://de.wikisource.org/wiki/Digitale_Sammlungen
Update November 2015:
Lübeck, Stadtbibliothek
//digital.stadtbibliothek.luebeck.de
Augsburg, UB
//www.bibliothek.uni-augsburg.de/dda/cod/
Bamberg, SB
Try //bvbm1.bib-bvb.de/ with handschrift and bamberg.
//www.staatsbibliothek-bamberg.de/index.php?id=1386 is NOT complete regarding digitized mss.!
Bavaria
//www.bayerische-landesbibliothek-online.de/handschriften
Berlin, Humboldt-Universität
//goobi.ub.hu-berlin.de/viewer/browse/mittelalterlichehandschriften/-/1/-/-/
Berlin, SB
//digital.staatsbibliothek-berlin.de/dms/suche/?DC=handschriften
[Bonn, UB
//s2w.hbz-nrw.de/ulbbn/nav/classification/1095658
Only Early modern until now]
Coburg, LB
Try https://katalog.landesbibliothek-coburg.de/ with handschrift and filter digitalisat
Darmstadt
//www.ulb.tu-darmstadt.de/spezialabteilungen/digitale_sammlungen_2/digitale_sammlungen.de.jsp
Dresden, SLUB
//digital.slub-dresden.de/listenansicht/?type=0%25252Findex.html%2Ftrackback
Düsseldorf, ULB
//digital.ub.uni-duesseldorf.de/nav/classification/507874
Erfurt/Gotha, UFB
//archive.thulb.uni-jena.de/ufb/content/below/index.xml
Erlangen, UB
//bvbm1.bib-bvb.de/R/?local_base=UBE
Frankfurt, UB
//sammlungen.ub.uni-frankfurt.de/msinc/nav/index/all
Freiburg, UB
//www.ub.uni-freiburg.de/index.php?id=hss
Fulda, HLB
//fuldig.hs-fulda.de/viewer/browse/handschriften*/-/1/-/-/
Gießen, UB
//digisam.ub.uni-giessen.de/handschriften.html
Halle, ULB
//digital.bibliothek.uni-halle.de/hd/nav/classification/1406583
Hamburg, SUB
//www.sub.uni-hamburg.de/recherche/elektronische-angebote/digitalisierte-bestaende.html
Hannover, GWLB
//digitale-sammlungen.gwlb.de/
No medieval ms. until now.
Heidelberg, UB
//www.ub.uni-heidelberg.de/helios/digi/handschriften.html
Jena, ThULB (and other libraries in Thuringia)
//archive.thulb.uni-jena.de/hisbest/content/below/index.xml
Karlsruhe, BLB
//digital.blb-karlsruhe.de/Handschriften/nav/classification/20950
Kassel, UB
//orka.bibliothek.uni-kassel.de/viewer/browse/handschriften*/-/1/-/-/
Kiel, UB
//dibiki.ub.uni-kiel.de/viewer/
//www.ub.uni-kiel.de/digiport/Handschriften/hand.html
Köln, Dombibliothek (and some other institutions)
//www.ceec.uni-koeln.de/
Köln, Historisches Archiv
//historischesarchivkoeln.de/de/
Leipzig, UB
//histbest.ub.uni-leipzig.de/
Some complete mss. also in
//www.manuscripta-mediaevalia.de/
Mainz, StadtB
//www.dilibri.de/nav/classification/991549
Mecklenburg-Vorpommern
//ub-goobi-pr2.ub.uni-greifswald.de/viewer/
München, SB
//www.digitale-sammlungen.de/
München, UB
//epub.ub.uni-muenchen.de/view/cim/cim.html
//epub.ub.uni-muenchen.de/view/malte/handschriften.html
Münster, ULB
//sammlungen.ulb.uni-muenster.de/nav/classification/2163619
//www.ulb.uni-muenster.de/sammlungen/handschriften/dyksche-handschrift.html
Nürnberg, GNM
//dlib.gnm.de/
Oldenburg, LB
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Only Sachsenspiegel saec. XIV.
Stuttgart, WLB
//digital.wlb-stuttgart.de/
Tübingen, UB
//idb.ub.uni-tuebingen.de/digitue/tue/
Weimar, HAAB
Search //opac.ub.uni-weimar.de/DB=2/ for handschriften
Wiesbaden, LB
//www.hs-rm.de/hlb/suchen-finden/sondersammlungen/handschriften-inkunabeln-alte-drucke/der-riesencodex-hildegard-von-bingen/index.html
Only Hildegard of Bingen Codex saec. XII
Wolfenbüttel, HAB (and some other institutions)
//dbs.hab.de/mss/
Würzburg, UB
//vb.uni-wuerzburg.de/ub/handschriften.html
For multi-library projects like the Bibliotheca Laureshamensis see
//ordensgeschichte.hypotheses.org/1510
For single manuscripts (mostly only some pages) in German see
//www.handschriftencensus.de/abbildungen
For digitized printed books see
https://de.wikisource.org/wiki/Digitale_Sammlungen
Update November 2015:
Lübeck, Stadtbibliothek
//digital.stadtbibliothek.luebeck.de
KlausGraf - am Freitag, 27. Dezember 2013, 10:46 - Rubrik: Kodikologie