Es gibt eine ganze Reihe von geplanten und wenige realisierte Angebote, bei denen Handschriften aus Skriptorien und Bibliotheken (vor allem Klosterbibliotheken) mit Volldigitalisaten zusammengeführt werden sollen. Sicher hat die folgende Zusammenstellung Lücken, um deren Schließung ich die werten LeserInnen höflich bitte.

Kloster Lorsch
Hier gibt es schon etwas zu sehen (wenn auch noch nicht viel):
http://www.bibliotheca-laureshamensis-digital.de/
Siehe
http://archiv.twoday.net/stories/14879930/

Kloster Corvey
Hofentlich ab 3. Juni 2011 online
http://archiv.twoday.net/stories/18132548/
[Es gibt schon was zu sehen:
http://nova-corbeia.uni-paderborn.de/ ]

Kloster Fulda
Das Projekt Bibliotheca Fuldensis beschränkt sich auf die Digitalisierung der Fuldaer Handschriftenfragmente des Staatsarchivs Marburg
http://www.thf-fulda.de/bibliothek/institut.htm
[Siehe web.archive.org
Selbst davon ist inzwischen - Dez. 2012 - keine Rede mehr:
http://ibf.thf-fulda.de/ ]

Kloster Helmarshausen
Nichts online außer einigen Zeilen Projektbeschreibung
http://forschung.uni-kassel.de/converis/own_budget_project/2275

Kloster St. Matthias in Trier
Keine Digitalisate online
http://urts55.uni-trier.de:8080/Projekte/KoZe2/projekte/kernprojekte/handschriften
http://archiv.twoday.net/stories/6322650/
[ http://www.stmatthias.uni-trier.de/ ]

Bibliotheca Corviniana
http://www.corvina.oszk.hu/
Wunderschöne Handschriften, aber ein seit vielen Jahren ungepflegtes Projekt, das z.B. die in Wolfenbüttel digitalisierten Corvinen gar nicht mit Links verzeichnet.

Update: Danke für den Hinweis auf die bereits weit fortgeschrittene Virtuelle Stiftsbibliothek St. Gallen, war mir entfallen, obwohl ich sie neulich hatte:

http://www.stgallplan.org/stgallmss/index.html

(W)

Nachtrag:

Libri s. Kiliani
http://www.libri-kiliani.eu/

Virtuelle Bibliothek St. Peter im Schwarzwald
http://www.ub.uni-freiburg.de/index.php?id=sanktpeter

Europeana Regia
"three collections of royal manuscripts that are currently dispersed and which represent European cultural activity at three distinct periods in history: the Biblioteca Carolina (8th and 9th centuries), the Library of Charles V and Family (14th century) and the Library of the Aragonese Kings of Naples (15th and 16th centuries)."
http://www.europeanaregia.eu/

Kaiser Heinrich Bibliothek (SB Bamberg)
http://bsbsbb.bsb.lrz-muenchen.de/~db/ausgaben/index.html

Handschriften aus dem ehemaligen Benediktinerkloster St. Emmeram in Regensburg
http://www.bayerische-landesbibliothek-online.de/handschriftenstemmeramregensburg

Codices Weisenburgenses der HAB Wolfenbüttel, überwiegend aus dem Kloster Weissenburg im Elsass
http://dbs.hab.de/mss/?list=collection&id=weiss

Update:
http://ordensgeschichte.hypotheses.org/1510